丙酸钙的毒性和致癌性已经被实验室广泛的研究，结果是否定的。除了在一项研究中幼鼠和维生素B12缺乏的小白鼠被喂食了大量的丙酸钙（比正常饮食多出几倍）之后出现增长缓慢的现象。小白鼠被大量喂养丙酸钙或其他相似化学品经过更长一段时间后没发现任何副作用。大量实验证明丙酸钙是无毒的，食品制造商当前的用量是安全的。

有传闻，一些对丙酸钙比较敏感的人在接触含有丙酸钙的食物后会有偏头痛的现象。但是没有任何医学证明能支持这项传闻。丙酸钙不会再人体任何组织内累计，当你食用添加了丙酸钙的食物后，人体将钙离子和丙酸根离子分离，这样更容易被人体吸收，并向其他脂肪酸一样代谢。